Professor Gobelijn is wat overspannen en heeft dringend vakantie nodig. Jommeke stelt daarom voor om er samen op uit te trekken en het lot te laten beslissen waar ze naar toe gaan. De keuze is gevallen op het Zwarte Woud in Duitsland en omdat de vliegende bol zijn motor momenteel wordt nagekeken kiezen ze voor de trein. Enkele uren later staan onze vrienden met de voeten in het prachtige Zwarte Woud.
Tijdens hun eerste wandeling ontdekken ze een groot griezelig beeld van een kraai. Ze vinden het raar dat zo'n beeld in het midden van een bos staat en het is nog vreemder wanneer er plots een oud vrouwtje opdaagt die hen aanmaant om uit de buurt van de Kraaienburcht te blijven. Jommekes nieuwsgierigheid is nu wel gewekt en wanneer ze wat later in hun hotel zijn en aan de waard vragen wat er zo speciaal is aan die burcht slaat de angst hem om het hart. Hoewel hij duidelijk angst heeft doet hij alsof hij van niets weet. Hij zegt ook dat het oude vrouwtje, die blijkbaar Gretl heet, alleen maar de toeristen angst wil aanjagen. Jommeke is niet overtuigd en besluit om de volgende dag met Filiberke op onderzoek te trekken. Hun vrienden slapen nog en ze laten dan maar een briefje achter dat ze gaan zoeken naar de bewuste Kraaienburcht.
Jommeke en Filiberke trekken terug naar de plaats waar ze het beeld gezien hebben en beginnen van daaruit hun zoektocht. Ze gaan steeds dieper het bos in tot ze plots het gekrijs van tientallen kraaien opmerken. Ze gaan in de richting van de vogels tot er opeens een oude bouwvallige burcht voor hun opduikt. Jommeke wil vanzelfsprekend naar binnen maar ook nu weer worden ze door Gekke Gretl tegengehouden. Ze zegt dat het niet pluis is in de burcht en vertrekt dan weer met een laatste waarschuwing om niet naar binnen te gaan. Jommeke zou niet naar binnen kunnen gaan want ze merken dat de ingang werd dichtgemetseld. Hij vraagt aan Flip om eens een kijkje te gaan nemen maar de papegaai wordt onmiddellijk weggejaagd door de kraaien. Ze hebben dus geen andere keuze meer en gaan terug naar hun herberg. Jommeke is echter vastbesloten om terug te komen. Tijdens hun terugtocht komen ze hun vrienden tegen. Ze hadden het bericht gevonden en besloten om Jommeke en Filiberke te volgen. Terwijl ze beraadslagen over hun volgende actie schiet Filiberke met zijn katapult op een kraai. Hij mist maar raakt het kraaienbeeld en stelt zo een verborgen mechanisme in werking. Het beeld draait op zijn sokkel en geeft zo een geheime gang bloot. Ze volgen de gang die duidelijk tot in de burcht loopt tot ze plots voetstappen horen. Ze verbergen hun en zien zo vier mannen in een wit gewaad met een kraaienmasker op hun hoofd. Als de mannen voorbij zijn zetten ze hun onderzoek verder en vinden witte gewaden en kraaienmaskers in een kist. Jommeke besluit om alleen op onderzoek te gaan door zich eveneens te verkleden. Zo komt hij in een zaal waar de leider van de groep net gaat spreken. Het wordt duidelijk dat de mannen iets van plan zijn met het nabij gelegen dorp en dat ze hiervoor tientallen kraaien hebben afgericht. Het wordt eveneens duidelijk dat ze Gretl onder invloed houden van een drankje en dat zij nieuwsgierige wandelaars op afstand moet houden.
Flip kan zijn nieuwsgierigheid ook niet bedwingen en gaat luistervinken aan de deur waar hij al snel door een kraai wordt opgemerkt. De kraai kan het niet halen van de papagaai maar Flip verliest wel één van zijn rode veren. Als een bewaker op het tumult af komt merkt hij de veer op en slaat alarm. Er zijn indringers in de burcht. Overal wordt gezocht en het duurt dan ook niet lang of onze vrienden worden ontdekt. Jommeke en zijn vrienden worden in de kerker opgesloten en zoals steeds zullen ze moeten rekenen op Flip om hen uit de benarde positie te bevrijden. Moeilijk is dat niet want de mannen zijn zich tijdens een feestmaal aan het bezatten en al snel liggen ze in een diepe roes. Zo is het voor Flip makkelijk om de sleutel van de cel te bemachtigen. Haastig proberen ze te ontsnappen maar lopen een gemaskerde tegen het lijf. Ze zijn verbaasd wanneer de gemaskerde en zegt te willen helpen. Ze toont hen een andere geheime gang die naar buiten loopt en die de andere gemaskerden niet kennen. Buiten zet ze haar kap af en blijkt het om een meisje te gaan. Ze stelt haar voor als Gitte, de kleindochter van Gretl die hen vertelt dat de kraaienmannen iets vreselijk van plan zijn maar dat ook zij nog niet weet wat.
Hun ontsnapping is natuurlijk niet onopgemerkt gebleven en de leider van de bende geeft de kraaien het bevel om naar het dorp te vliegen om de bewoners angst aan te jagen. Zo zien Jommeke en zijn vrienden hoe er paniek uitbreekt in het dorp wanneer de kraaien hen over de hoofden vliegen. Ze beseffen dat dit nog maar het begin is en dat het nog veel erger zal worden. Gitte vertelt het hele verhaal aan de burgemeester die zijn oren niet kan geloven. Hij beloofd hen om die avond mee te gaan naar de burcht om alles met zijn eigen ogen te kunnen zien. Ze sluipen terug naar binnen en beseffen al snel dat ze in de val zijn gelopen. De burgemeester is immers de leider van de kraaienmannen en zijn onze vrienden terug bij af. Opnieuw worden ze opgesloten maar deze keer wordt ook Flip gevangen genomen. Nu is er niemand meer die hen kan helpen maar net als ze denken dat de situatie hopeloos is komt Gretl hen ter hulp. Ze kan onze vrienden wederom uit de cel halen en had de politie ook reeds verwittigd. Niet veel later zitten alle kraaienmannen in de boeien. Nu vernemen ze eindelijk de ware reden achter het geheim van de Kraaienburcht. Jaren geleden was de burcht bewoond door een rijke gierige Graaf. De burgemeester vond oude brieven van de man en samen met enkele vrienden kon hij de oude brieven ontleden om er zo achter te komen dat er een grote schat begraven lag onder het gemeentehuis. Om ongestoord naar de schat te kunnen graven moesten de bewoners verhuizen zodat ze de schat voor hunzelf hadden. Jammer de Jommeke en zijn vrienden besloten om net bij hun de vakantie door te brengen.