School op stelten is een dubbelverhaal. In “Meester Gobelijn” heeft meester Solie, de leerkracht van het 5de leerjaar een ski-ongeval gekregen en door een tekort aan leerkrachten wordt er aan professor Gobelijn gevraagd om in te vallen. Helaas heeft de prof niet veel kaas gegeten en loopt het al snel in het honderd. Omdat de professor niet alles tien keer wil uitleggen brouwt hij snel wat wijsheidsdrank om aan de leerlingen uit te delen.
Gobelijn maakt dan ook indruk op de inspecteur die onaangekondigd de school bezoekt. Ook hij proeft van de drank maar op volwassenen heeft het goedje een averechts effect waardoor de inspecteur terug kinds wordt. Zoals steeds met de brouwsels van Gobelijn is ook dit drankje snel uitgewerkt waardoor de klas van de professor weer snel terug normaal wordt.
Gobelijn zou Gobelijn niet zijn als zijn verstrooidheid geen problemen zou veroorzaken. Tijdens de les fysica mengt hij wat verkeerde stoffen met elkaar waardoor het halve schoolgebouw wordt opgeblazen. Gelukkig wil de inspecteur de school voorrang geven bij de subsidies waardoor het niet lang zal duren alvorens Jommeke en zijn vriendjes naar een splinternieuwe school kunnen. Dit alles dankzij professor Gobelijn.
Het tweede deel van dit album heet Anatool op school. De moeders van Anatool, Smosbol, Kwak en Boemel maken ruzie over hun zonen en vragen zich af wie van de vier de slimste is. Omdat de mannen nooit hun school hebben afgewerkt stelt de moeder van Anatool voor om ze terug naar school te sturen onder leiding van Jommeke en zijn vriendjes. Jommeke en Filiberke zijn onmiddellijk gewonnen voor het idee maar ze merken al snel dat les geen aan dit viertal een serieuze uitdaging is. Hoewel Smosbol en Kwak en Boemel school wel leuk beginnen te vinden is Anatool nog steeds niet overtuigd en staat hij steeds in de hoek. Zijn moeder dreigt zo haar weddenschap te verliezen omdat haar zoon het slechtste rapport heeft, maar dan vindt Anatool een boekje over spieken in een vuilbak. Hij heeft dan ook geen moeite met het oplossen van alle examenvragen en lijkt met onderscheiding te gaan slagen maar dan vindt Flip toevallig alle spiekbriefjes waardoor hij desondanks toch nog faalt voor het examen, dit zeer tot ongenoegen van zijn moeder.